如何预测蛋白互作关系

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在分子机制的研究中,蛋白与蛋白之间的互作可以称得上是非常经典实验。在进行蛋白功能研究时,寻找蛋白质之间的互作是比不缺少的一步。那么如何查询与预测蛋白质之间的互作呢?下面介绍一个预测蛋白质之间互作的网站-STRING,网址:http://www.string-db.org。

打开主页,在主页左侧栏显示搜索方式。比如输入一种蛋白质的名称或者序列,寻找与蛋白互作的其他蛋白;或者同时输入几种蛋白#A、#B、#C,搜索他们三者之间可能互作关系。当然,你也可以输入蛋白质家族进行查询。

举个栗子,在搜索栏输进基因名称:BCL2,然后选择想要研究的种属。

首先看到BCL2与其他蛋白质之间的互作网络。可以通过点击蛋白名称的小球,比如TP53,来查看该TP53蛋白的基本介绍和所包含功能域的三维结构。

连接小球之间线条的颜色,表示蛋白之间互作的可信程度:蓝色是从专业数据库获得;紫色表示有相关实验证实;绿色呢,可能提示是基因位置临近蛋白……点击任意一条线条,可以看到两种蛋白之间互作的详细情况。

显示结果太复杂,看的眼花缭乱?那可以通过限定显示内容来解决。点击Data settings,可以选择只搜索数据库内容或者实验证实的互作关系。

点击Table/exports,可以输出互作结果。

5.当然啦,如果想要继续深究蛋白互作关系是如何证实的,点击Evidence,查看蛋白质互作证实实验类型。

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